Madrasah Aliyah Negeri Gandekan Bantul yang semula berasal dari PGA 4 Tahun Mualimin, didirikan pada tahun 1965 oleh Yayasan Jam’iyyah Nahdlatul Ulama (NU) yang terletak di dusun Gandekan Kelurahan Bantul, Kecamatan Bantul, Kabupaten Bantul. Tokoh-tokoh pendiri saat itu diantaranya: KH. Mabarun, KH. Hamdani, KH. Bajuri, KH. Dalhar Sahroni. Adapun jumlah siswanya relatif sedikit hanya 1 kelas, sedangkan guru-gurunya belum ada yang menjadi Pegawai Negeri Sipil. Pada tahun 1967 pengurus yayasan mengajukan permohonan kepada Menteri Agama agar PGA tersebut dinegerikan. Akhirnya permohonan tersebut dikabulkan dengan turunnya SK Menteri Agama No. 140 Th. 1968 tertanggal 1 Juli 1968 tentang perubahan status PGA 4 Tahun Mualimin menjadi PGA Negeri 4 Tahun Gandekan. Setelah berubah status negeri muridnya melimpah. Setelah dua tahun kemudian tepatnya pada tahun 1970, PGAN 4 Tahun berubah menjadi PGAN 6 Tahun. (Keterangan dari pelaku sejarah H. Suharman, BE)
Dengan adanya peraturan pemerintah bahwa guru-guru Agama SD minimal berpendidikan D2 dan pertimbangan yang lain dengan SK Menteri Agama No. 17 Th 1978, maka PGAN 6 Tahun Gandekan Bantul berubah menjadi MAN Gandekan Bantul. Perlu diketahui bahwa sejak berdiri hingga tahun 1979 MAN Gandekan belum mempunyai gedung sendiri. Maka pada tahun 1980 mendapatkan bantuan gedung sejumlah 7 lokal dengan syarat telah memiliki tanah dan akhirnya dengan swadaya dari guru-guru saat itu maka mendapatkan tanah di dusun Bantul Karang, Ringinharjo, Bantul. Selanjutnya pada tahun tersebut MAN Gandekan Bantul pindah menempati gedung yang baru hingga sekarang.

Secara internal MAN Gandekan Bantul berusaha mengembangkan berbagai kegiatan yang mengarah pada peningkatan mutu pendidikan yang mengupayakan peserta didik untuk memiliki kemampuan intelektual, kemampuan mendengar dengan suara hati sebagai sumber informasi serta kemampuan memberi puncak spiritual (IQ, EQ, dan SQ) juga membekali siswa dengan berbagai keterampilan (life skill) dengan program-program unggulan madrasah. Selain itu juga berupaya untuk meningkatkan mutu madrasah seperti: penataan madrasah, pengawasan terhadap kegiatan guru dan siswa, serta dukungan tokoh pendidikan lainnya.
Secara eksternal, MAN Gandekan Bantul berusaha untuk menjadi madrasah yang dicintai, dibanggakan oleh masyarakat karena madrasah tumbuh dan dikembangkan oleh masyarakat. Oleh karena itu kerja sama yang baik seluruh stake holder yang terlibat dalam proses pendidikan sangat diperlukan guna mendukung terciptanya MAN Gandekan Bantul menjadi madrasah yang ideal.
Pada tanggal 1 Februari 2017 nama MAN Gandekan berubah nama menjadi MAN 1 Bantul. Hal ini sesuai SK Kanwil Kemenag DIY Nomor 68 tahun 2017 tentang Pemberlakuan Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di D.I. Yogyakarta.
Pada tanggal 20 Mei 2020, berdasar pada SK Direktur Pendidikan Islam Nomor 2951 Tahun 2020, MAN 1 Bantul ber-metamorfosis menjadi penyelenggara Madrasah Aliyah Negeri Plus Keterampilan, dengan tambahan program peminatan keterampilan; Tata Busana, Otomotif dan Multimedia.